On estime que cet art est né entre la fin du XIe et le début du XIIe siècle, sous l'impulsion principale du général Shinra Saburo Minamoto no Yoshimitsu.

Le nom originel de ce bujutsu est "Aiki In Yo Ho" (l'utilisation des énergies unifiées des pouvoirs In et Yo.)

Le doctrine In Yo Ho (proche du Yin et du Yang Taoïste) a fortement influencé le développement de cet art de combat.

Elle implique, entre autre, les principes de non-résistance et de non-opposition face à un adversaire ; en d'autres termes, l'utilisation contre l'adversaire de l'énergie développée par l'attaque.

On retrouve des similitudes avec le Jujutsu, avec une influence majeure des arts du sabre.

L'Aiki In Yo Ho était une méthode de combat spécifique au clan Minamoto, perpétuée ensuite par le clan Takeda.

Selon la légende, la naissance de l'Aiki est due à deux évènements :

- Minamoto no Yoshimitsu eut l'opportunité, exceptionnelle pour l'époque, d'effectuer une autopsie  pour étudier l'anatomie humaine. Cela permit de comprendre le fonctionnement général du corps.

-  Yoshimitsu aurait pratiqué des exercices respiratoires sous une cascade ; ce qui aurait inspiré les principes de cercles typiques de l'Aiki.

Le fils de Yoshimitsu, Yoshikio, fût envoyé en province de Kai et reçut le nom Kai Genji Takeda ; ce fût pour lui l'occasion de compléter le panel technique de l'Aiki In Yo Ho. L'art devint ainsi "Takeda Ryu Aiki no Jutsu".

Les arts de combats du clan Takeda ne cèssèrent de se développer depuis lors et un personnage marqua à jamais l'histoire du clan : Takeda Shingen (aussi connu sous les nom Takeda Katsuschio et Takeda Harunobu).